Hpy1

Report summary ▲

Isolates Author Date Host Folder
4 kevinl Tue Feb 4 12:59:09 2020 biodeb /media/LocalStore/Zoe.King.H.pylori/nullarbor/Hpy1
Download: ⬇jobinfo.csv

Sequence data ▲

Legend: ✔ ≥50x ? ≥25x ✘ <25x
Isolate Reads Yield GeeCee MinLen AvgLen MaxLen AvgQual Depth Quality
Isolate.C 9810852 1471627800 38.6 150 150 150 39.2 867 ✔
Isolate.B 10209158 1531373700 38.4 150 150 150 39.3 903 ✔
Isolate.E 11199702 1679955300 38.9 150 150 150 39.3 990 ✔
Isolate.A 11344974 1701746100 38.9 150 150 150 39.2 1003 ✔
Download: ⬇seqdata.csv

Species identification ▲

Legend: ✔ ≥80% ? ≥65% ✘ <65%
Isolate #1 Match % #2 Match % #3 Match % #4 Match % Quality
Isolate.C Helicobacter pylori 95.43 unclassified 2.95 Enterobacteria phage T4 sensu lato 0.01 Helicobacter acinonychis 0.00 ✔
Isolate.B Helicobacter pylori 94.47 unclassified 3.66 Helicobacter cetorum 0.08 Helicobacter acinonychis 0.02 ✔
Isolate.E Helicobacter pylori 93.33 unclassified 5.12 Helicobacter acinonychis 0.02 Enterobacteria phage T4 sensu lato 0.01 ✔
Isolate.A Helicobacter pylori 95.09 unclassified 3.42 Helicobacter acinonychis 0.02 Enterobacteria phage T4 sensu lato 0.01 ✔
Download: ⬇identification.csv

MLST ▲

Isolate Scheme Sequence
Type 		Allele Allele Allele Allele Allele Allele Allele Quality
Reference hpylori 181 atpA(181) efp(181) mutY(181) ppa(181) trpC(181) ureI(181) yphC(181) ✔
Isolate.C hpylori - atpA(~1889) efp(2691?) mutY(~2511) ppa(~1865) trpC(~2990) ureI(~874) yphC(1376) ✘
Isolate.B hpylori - atpA(1618) efp(1454) mutY(~1743) ppa(~926) trpC(~1793) ureI(~2969) yphC(2956?) ✘
Isolate.E hpylori - atpA(~578) efp(~552) mutY(~181) ppa(~197) trpC(~592) ureI(~221) yphC(~2960) ✘
Isolate.A hpylori - atpA(~2689) efp(1454) mutY(~1620) ppa(~2038) trpC(1434) ureI(2788) yphC(407?) ✘
Download: ⬇mlst.csv

Resistome ▲

Legend: ✔ ≥90% coverage ? <90% coverage ✘ absent
#FILE NUM_FOUND
Isolate.A 0
Isolate.B 0
Isolate.C 0
Isolate.E 0
Download: ⬇resistome.csv

Virulome ▲

Legend: ✔ ≥90% coverage ? <90% coverage ✘ absent
#FILE NUM_FOUND
HP0256
babA/hopS
babB/hopT
cag1
cag2
cag3
cagA
cagD
cagF
cagG
cagH
cagI
cagM
cagN
cagP
cagQ
cagS
cagU
cagZ
cds6
cheA
cheV1
cheV2
cheV3
cheW
cheY
flaA
flaB
flaG
flgA
flgB
flgC
flgD
flgE
flgE_1
flgG
flgH
flgI
flgK
flgL
flgM
flgR
flgS
flhA
flhB
flhB2
flhF
fliA
fliD
fliE
fliF
fliG
fliH
fliI
fliL
fliM
fliN
fliP
fliQ
fliR
fliS
fliY
futA
futB
futC
gluE
gluP
hopH
hopZ
hpaA2
kdtB
lpxB
motA
motB
napA
neuA/flmD
pdxA
pdxJ
pflA
pseB
pseC
rfaC
rfaJ
rfbD
rfbM
sabA/hopP
sabB/hopO
tlpA
tlpB
tlpC
ureA
ureB
ureE
ureF
ureG
ureH
ureI
vacA
virB1
virB10/cagY
virB11
virB2/cagC
virB4/cagE
virB5/cagL
virB6/cagW
virB7/cagT
virB8/cagV
virB9/cagX
virD4
wbcJ
wbpB
ylxH
Isolate.A 111 ✔ ? ✔ ✔ ✘ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ? ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ? ? ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ? ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ? ✔ ? ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
Isolate.B 110 ✔ ? ? ✔ ✘ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ? ? ✔ ✔ ✔ ✔ ? ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✘ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ? ✔ ? ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
Isolate.C 111 ✔ ? ? ✔ ✘ ✔ ? ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ? ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ? ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ? ? ✔ ✔ ✔ ✔ ? ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ? ✔ ✔ ? ? ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ? ✔ ? ✔ ? ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ? ✔ ✔ ✔ ✔
Isolate.E 110 ✔ ? ? ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ? ✘ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✘ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ? ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
Download: ⬇virulome.csv

Assembly and annotation ▲

Legend: ✔ Typical ? μContigs=47 ∧ μbp=1618323 ✘ Contigs > 1.5μ ∨ bp ± 0.2μ
Isolate Contigs bp ok Ns gaps min avg max N50 CDS rRNA tRNA tmRNA Quality
Isolate.A 50 1621082 1621082 0 0 558 32421 198671 59296 1509 2 0 0 ✔
Isolate.B 31 1669367 1669367 0 0 772 53850 413152 136576 1571 3 0 0 ✔
Isolate.C 59 1550668 1550668 0 0 841 26282 142816 52145 1467 2 0 0 ✔
Isolate.E 49 1632175 1632175 0 0 646 33309 169862 55257 1542 2 0 0 ✔
Download: ⬇assembly.csv

Reference genome ▲

Sequence Length Description
NC_000915 1667867 no description
TOTAL 1667867 Total reference size in bp
Download: ⬇reference.csv

Core genome ▲

Legend: ✔ ≥90% used ? ≥70% used ✘ <70% used
Isolate LENGTH ALIGNED UNALIGNED VARIANT HET MASKED LOWCOV %Used Quality
Isolate.A 1667867 1471629 187904 58967 998 0 7336 88.23 ?
Isolate.B 1667867 1483908 175180 57182 719 0 8060 88.97 ?
Isolate.C 1667867 1424736 230559 62874 1035 0 11537 85.42 ?
Isolate.E 1667867 1528298 133212 51711 941 0 5416 91.63 ✔
Reference 1667867 1667825 0 0 0 0 42 100.00 ✔
Download: ⬇core.csv

Core SNP Phylogeny ▲

4 taxa, 117829 SNPs
Download: ⬇core.newick

Pairwise core SNP distances ▲

Isolate.A
Isolate.B
Isolate.C
Isolate.E
Reference
Isolate.A 0 49144 64477 55278 52267
Isolate.B 49144 0 63219 55296 52368
Isolate.C 64477 63219 0 59210 61775
Isolate.E 55278 55296 59210 0 51695
Reference 52267 52368 61775 51695 0
Download: ⬇snpdist.csv

Core SNP density ▲

Pan genome ▲

Isolate.A 1509 Isolate.B 1571 Isolate.C 1467 Isolate.E 1542 4 taxa, 2674 clusters (core + accessory)

Ortholog class Definition Count
Core genes (99% <= strains <= 100%) 947
Soft core genes (95% <= strains < 99%) 0
Shell genes (15% <= strains < 95%) 1727
Cloud genes (0% <= strains < 15%) 0
Total genes (0% <= strains <= 100%) 2674
Download: ⬇pan.csv

Isolate.C0.905002305Isolate.E0.000000005Isolate.A0.296677071Isolate.B0.0000000051.0001.125482034

Software versions ▲

Tool Version
Abricate 0.9.8
BWA MEM 0.7.17-r1188
FastTree 2.1.10 Double precision (No SSE3):
FreeBayes 1.3.2-dirty
IQtree 1.6.12 for Linux 64-bit built Aug 15 2019
Kraken 1.1.1
MLST 2.18.1
MegaHit 1.2.9
Newick-Utils 1.6
Nullarbor 2.0.20191013
Prokka 1.14.5
Roary 3.13.0
SAMtools 1.9
SKESA 2.3.0
SPAdes 3.14.0
Shovill 1.0.9
Snippy 4.4.3
Trimmomatic 0.39
centrifuge 1.0.4
seqret 6.6.0.0
seqtk 1.3-r106
snp-dists 0.6.3
Download: ⬇tools.csv

Databases ▲

Database Name Date
Taxoner(kraken) /home/kevinl/LocalStore/nullarbor/minikraken_20171019_4GB 2017-10-20
Resistome /home/kevinl/anaconda3/envs/nullarbor/db/ncbi/sequences 2019-09-11
Virulome /home/kevinl/anaconda3/envs/nullarbor/db/vfdb/sequences 2019-09-11
MLST /home/kevinl/anaconda3/envs/nullarbor/db/blast/mlst.fa 2020-01-31
Download: ⬇databases.csv

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